Najwięcej substancji szkodliwych dla środowiska jest jednak w przypadku szkółkarstwa pochodzi ze środków ochrony roślin. Ograniczenie przez dyrektywy Unii Europejskiej dopuszczonych do stosowania substancji biologicznie czynnych zmusza szkółkarzy do szukania alternatywnych sposobów walki z chorobami, szkodnikami i chwastami.

W Holandii wdrażane jest traktowanie roślin tzw. herbatą z kompostu, czyli sfermentowanym roztworem ze specjalnie przygotowanego kompostu, mającym podnosić odporność drzew i krzewów. Używanie tego wyciągu polecają szkółkarzom służby doradcze, opryskuje się rośliny co 3 tygodnie wprowadzając na powierzchnie liści i pędów, a także do podłoża mikroorganizmy antagonistyczne w stosunku do patogenów oraz inne pożyteczne substancje.

Coraz częściej jako przedplon w kwaterach przeznaczonych pod szkółki gruntowe uprawiane są aksamitki (Tagetes spp.) Rośliny te, dzięki wydzielinom korzeniowym, ograniczają populacje nicieni – szkodników glebowych.

Alternatywne metody walki z chwastami polegają w uprawach kontenerowych przede wszystkim na ściółkowaniu podłożą. Poleca się do tego różne substancje lub materiały, m.in. Asolfil – gęstą ciecz będącą mieszaniną pulpy drzewnej, kauczuku i węgla, którą nanosi się na powierzchnię podłoża w pojemnikach lub w rzędy roślin posadzonych w gruncie, a następnie substancja zastyga tworząc nieprzepuszczalną dla światła powłokę. Inne materiały o podobnym działaniu wykorzystywane w szkółkarstwie ozdobnym to krążki jutowe. Wzrost i rozwój chwastów na podłożu torfowym można też ograniczyć poprzez dodatek włókien kokosowych, które powodują, że powierzchnia  substratu w pojemniku jest znacznie suchsza niż głębsze warstwy.

Aby nie zaśmiecać środowiska naturalnego lansuje się doniczki z materiałów, które podlegają biologicznemu rozkładowi, w tym z włókien kokosowych. Pomimo iż pojemniki kokosowe mają o 40% wyższą cenę niż plastikowe, są chętni na tak przygotowany produkt, gdyż umożliwia on skrócenie czasu sadzenia (nie trzeba usuwać doniczek).

Prowadzone są również cały czas prace nad integrowaną ochroną roślin. Chodzi o to aby poprzez stworzenie optymalnych warunków uprawy, prawidłowe nawożenie roślin, dobór gatunków i odmian odpornych lub o małej wrażliwości na choroby czy szkodniki, ograniczyć do minimum stosowanie środków ochrony lub używać tylko tych o niewielkiej szkodliwości.